C14orf93 - C14orf93

C14orf93 это белок который кодируется у человека C14orf93 ген. Это глобулярный белок с консервативным C-конец который локализован на ядро. Хотя относительно высоко экспрессируется во всех тканях, кроме нервная ткань, особенно сильно он выражен в Т-клетки и другие иммунные ткани.

Ген

c14orf93 находится на коротком плече хромосома 14 (14q11.2).[1] Регистрационный номер c14orf93 - 021944, а его псевдонимы - FLJ12154 и LOC60686. Ген имеет 2430 п.н. и 7 экзонов.[2]

Протеин

особенности

Белок c14orf93 имеет 9 изоформы.[3] Самая распространенная и самая большая изоформа имеет 538 AA,[4] а молекулярный вес 58,7 кдал,[5] и теоретический изоэлектрическая точка из 5.7.[6] Этот белок глобулярный с консервативным C-конец, кластер со смешанными зарядами от 371 до 399 и незаряженный сегмент с высокими показателями от 28 до 58.[5] Консенсусные данные SDSC PELE предсказывают 15 альфа-спирали и 8 бета-нитей.[5]

Посттрансляционные модификации

Посттрансляционные модификации в c14orf93 включить фосфорилирование, N-ацетилирование, и сумоилирование. Серин сайты фосфорилирования прогнозируются на 23 остатках, треонин по 6 остаткам и тирозин по 2 остатка.[7] Есть два экспериментально подтвержденных сайта фосфорилирования серина по остаткам 285 и 428,[2] которые могут служить сайтами активации или деактивации. N-ацетилирование предполагается по второму остатку; эта модификация влияет на стабильность и локализацию.[8] Есть 6 мотивов с высокой вероятностью сумоилирования.[9] SUMO (маленькие убиквитиноподобные модификаторы) представляют собой небольшие белки, подобные убиквитин это начало каскад участвует в стабильности белка, ядерно-цитозольном транспорте и регуляции транскрипции.

Субклеточная локализация

Данные PSORTII предсказывают, что c14orf93 локализован в ядро.[10] Существует сигнал ядерной локализации при остатках 298-301. Также есть два пероксисомальные нацеленные сигналы по остаткам 451-459 и 479-487.

Выражение

c14orf93 экспрессируется в 2,7 раза выше, чем в среднем ген во всех тканях.[3] Он относительно сильно выражен во всех тканях, кроме нервная ткань.[11] Заметно более высокое выражение наблюдается в Т-клетки, и есть немного более высокий образец экспрессии, показанный в других иммунные ткани такие как Костный мозг, селезенка, и лимфатический узел.

Взаимодействующие белки

C14orf93 физически взаимодействует с PTP1, MRFAP1, Набор, ПРИЛОЖЕНИЕ, и MOV10;[12][13][14] эти взаимодействия перечислены в таблице ниже. Столбец с организмом показывает, откуда был взят белок в эксперименте, показывая физические взаимодействия.

ПротеинОрганизм
PTP1Saccharomyces cerevisiae S288c
MRFAP1Homo sapiens
НаборMus musculus
ПРИЛОЖЕНИЕHomo sapiens
MOV10Homo sapiens

Из этих пяти взаимодействий наибольшую проверку прошли PTP1, MRFAP1 и SET. PTP1, тирозин-протеинфосфатаза 1, представляет собой белок, обнаруженный в дрожжах, но у людей есть его ортолог.[15] PTP1 может быть ответственным за активацию / деактивацию c14orf93 из-за его активности фосфатазы и перинуклеарного расположения. MRFAP1, белок 1, связанный с семейством MORF4, является человеческим белком, который взаимодействует с членами семейства MORF4 / MRG и супрессором опухоли Rb.[16] Этот белок может участвовать в старении, росте клеток и иммортализации. Существует человеческий ортолог белка Set мыши (ингибитор фосфатазы 2A или I2PP2A), и он локализован в ядре.[17] Set связывается с ДНК, чтобы негативно регулировать апоптотические процессы и транскрипцию нейронов, функционируя как онкоген.

Гомология

Есть ортологи для c14orf93 всего позвоночные от Homo sapiens к костлявая рыба.[18] Нет паралоги для c14orf93. C14orf93 является частью семейства DUF4616; это семейство отмечено областью неизвестной функции в C-концевом домене. Белки DUF4616 составляют от 166 до 538 аминокислоты в длину, и они являются частью sI21231 надсемейство. С-конец последних 200 остатков является высококонсервативным с семнадцатью остатками из 439-456, которые особенно консервативны для всех ортологов.[5] Этот регион, вероятно, играет основную роль в функции c14orf93.

использованная литература

  1. ^ "Ген NCBI: c14orf93". NCBI.
  2. ^ а б «Нуклеотид NCBI: c14orf93». NCBI.
  3. ^ а б "Aceview: c14orf93". NCBI.
  4. ^ "NCBI Protein: c14orf93". NCBI.
  5. ^ а б c d "SDSC Biology Workbench". SDSC.[постоянная мертвая ссылка ]
  6. ^ «Инструмент ExPasy Compute Pi / MW». ExPasy.
  7. ^ «Инструмент ExPasy NetPhos». ExPasy.
  8. ^ «Инструмент ExPasy NetAcet». ExPasy.
  9. ^ «Программа анализа ExPasy SUMOplot». ExPasy.
  10. ^ «ПСОРТII». PSORT.
  11. ^ "Профиль NCBI GEO: c14orf93 - Множественные нормальные ткани". NCBI.
  12. ^ "Браузер Mentha Interactome". Мента.
  13. ^ «Биогрид 3.4». BioGRID.
  14. ^ «База данных по молекулярному взаимодействию IntAct». Европейский институт биоинформатики.
  15. ^ «Профиль UniProt: PTP1». UniProt.
  16. ^ «Профиль UniProt: MRFAP1». UniProt.
  17. ^ «Профиль UniProt: набор». UniProt.
  18. ^ "NCBI BLAST". NCBI.