Семья точки останова нейробластомы, член 3, также известный как NBPF3, это человек ген семейства нейробластомных точек останова, которое находится на хромосома 1 генома человека. NBPF3 расположен в 1p36.12, непосредственно перед генами. ALPL и RAP1GAP.[3]
Ген NBPF3 состоит из 633 аминокислот и содержит пять DUF1220 домены, выделенные на изображении ниже. Домены DUF1220 обнаружены у всех других членов семейства точек разрыва нейробластомы. Белок имеет очень повторяющуюся структуру, так как вместе с остальными членами его семейства белков он, вероятно, возник из сегментарных дупликаций на хромосоме 1.
Домены расположены на остатках 236–298, 322–385, 394–460, 469–535 и 544–610.
Белковая последовательность богата тремя аминокислотами, которые полярный и отрицательно заряжен при физиологических pH: глютаминовая кислота, аспарагиновая кислота и глутамин. Изоэлектрическая точка белка составляет 4,21, кислотность которой может быть отнесена на счет большого количества этих аминокислот.
Изоформы и характеристики последовательностей
Известно четыре изоформы гена NPBF3. Хотя изоформа 1 является доминирующей формой гена, каждая другая изоформа имеет уникальные изменения в последовательности белка, которые могут влиять на структуру, экспрессию или функцию продукта гена:[4]
Изоформа
Упущения в последовательности
Дополнения к последовательности
Длина
1
-
-
633
2
1-56
-
577
3
350-386
331 R → RSSGRFCCLISVGYIFCHPCPAWLIR
621
4
1-358
-
275
Эти изоформы представлены на следующей схеме вместе с дополнительными характеристиками последовательности, которые включают смещения состава Poly-Glu и потенциальную спиральную катушку.
Функция
Функция белков семейства нейробластомы, включая NPBF3, еще не изучена научным сообществом. Из-за повторяющегося состава этого семейства генов, а также их амплификации у приматов было высказано предположение, что семья участвует в когнитивном развитии и эволюции приматов.
Также было высказано предположение, что существует связь между семейством контрольных точек нейробластомы и онкогенез. Из-за активации генов NBPF в некоторых опухолевых тканях было выдвинуто предположение, что белки этого семейства онкогены. Также было высказано предположение, что члены семейства точек разрыва нейробластомы гены-супрессоры опухолей, из-за потеря гетерозиготности в опухолевой ткани в области хромосомы 1, где расположены NBPF3 и другие белки NBPF.[5]
Гомология
Ортологи NBPF3 обнаруживаются в основном у видов приматов, хотя ортологические последовательности могут быть обнаружены у коров, лошадей и собак. Мышиный ортолог NPBF3 отсутствует.
И ортологи, и паралоги NBPF3 были найдены с использованием баз данных BLAT.[6] и ВЗРЫВ [7]
Белковые взаимодействия
NPBF3 взаимодействует с тремя другими белками: C1orf19, анкирин-1 (ANK1 ) и область 1 точки останова при саркоме Юинга (EWSR1 ).[8] Неизвестно, как эти белки взаимодействуют или каким может быть продукт этих взаимодействий.
Йонс Т., Дренкхан Д. (1998). «Анионообменник 2 (AE2) связывается с анкирином эритроцитов и колокализуется с анкирином вдоль базолатеральной плазматической мембраны париетальных клеток желудка человека». Евро. J. Cell Biol. 75 (3): 232–6. Дои:10.1016 / s0171-9335 (98) 80117-9. PMID9587054.
Вандепоэле К., ван Рой Ф. (2007). «Вставка HERV (K) LTR в интрон NBPF3 не требуется для его транскрипционной активности». Вирусология. 362 (1): 1–5. Дои:10.1016 / j.virol.2007.01.044. PMID17391723.
