TARBP1 - TARBP1

TARBP1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2HA8
Идентификаторы
Псевдонимы	TARBP1, TRM3, TRP-185, TRP185, TAR (ВИЧ-1) РНК-связывающий белок 1, TRMT3
Внешние идентификаторы	OMIM: 605052 MGI: 4936930 ГомолоГен: 38082 Генные карты: TARBP1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1q42.2 Начинать 234,391,313 бп[1] Конец 234,479,179 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • активность метилтрансферазы • РНК-метилтрансферазная активность • трансферазная активность • активность тРНК (гуанин) метилтрансферазы • Связывание РНК • рРНК (гуанозин-2'-O -) - метилтрансферазная активность Сотовый компонент • ядро клетки Биологический процесс • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • метилирование • Обработка РНК • метилирование тРНК • ферментно-направленное 2'-O-метилирование рРНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	6894	212728
Ансамбль	ENSG00000059588	н / д
UniProt	Q13395	E9Q368
RefSeq (мРНК)	NM_005646	NM_001159907
RefSeq (белок)	NP_005637	NP_001153379
Расположение (UCSC)	Chr 1: 234.39 - 234.48 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	[3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Вероятная метилтрансфераза TARBP1 является фермент что у людей кодируется TARBP1 ген.^[4][5]

ВИЧ-1, возбудитель синдром приобретенного иммунодефицита (СПИД), содержит РНК геном, который производит хромосомно интегрированный ДНК во время репликативного цикла. Активация экспрессии гена ВИЧ-1 трансактиватором Tat зависит от регуляторного элемента РНК (TAR), расположенного ниже сайта инициации транскрипции. Этот элемент образует стабильную структура стержень-петля и может связываться либо с белком, кодируемым этим геном, либо с РНК-полимераза II. Этот белок может действовать, отделяя РНК-полимеразу II от TAR во время удлинения транскрипции. Альтернативно сплайсированные транскрипты этого гена могут существовать, но их полноразмерная природа не определена.^[5]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000059588 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. Ву Ф., Гарсия Дж., Сигман Д., Гейнор Р. (декабрь 1991 г.). «tat регулирует связывание белка TRP-185, связывающего петлю РНК области трансактивации вируса иммунодефицита человека». Genes Dev. 5 (11): 2128–40. Дои:10.1101 / gad.5.11.2128. PMID  1936997.
5. «Ген Entrez: TARBP1 Tar (HIV-1) РНК-связывающий белок 1».

дальнейшее чтение

• Шелин CT, Милокко Л.Х., Джонс К.А. (1992). «Два различных фактора ядерной транскрипции распознают остатки петли и выступа шпильки TAR РНК ВИЧ-1». Genes Dev. 5 (12B): 2508–20. Дои:10.1101 / gad.5.12b.2508. PMID  1752441.
• Ву-Баер Ф, Сигман Д., Гейнор РБ (1995). «Специфическое связывание РНК-полимеразы II с РНК трансактивирующей области вируса иммунодефицита человека регулируется клеточными кофакторами и Tat». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 92 (16): 7153–7. Дои:10.1073 / пнас.92.16.7153. ЧВК  41297. PMID  7638159.
• Wu-Baer F, Lane WS, Gaynor RB (1996). «Идентификация группы клеточных кофакторов, которые стимулируют связывание РНК-полимеразы II и TRP-185 с TAR-РНК вируса иммунодефицита человека 1». J. Biol. Chem. 271 (8): 4201–8. Дои:10.1074 / jbc.271.8.4201. PMID  8626763.
• Wu-Baer F, Lane WS, Gaynor RB (1996). «Клеточный фактор TRP-185 регулирует связывание РНК-полимеразы II с TAR-РНК ВИЧ-1». EMBO J. 14 (23): 5995–6009. ЧВК  394719. PMID  8846792.
• Yedavalli VS, Benkirane M, Jeang KT (2003). «Tat и чувствительная к трансактивации (TAR) РНК-независимая индукция длинного концевого повтора ВИЧ-1 циклином T1 человека и мыши требует Sp1». J. Biol. Chem. 278 (8): 6404–10. Дои:10.1074 / jbc.M209162200. PMID  12458222.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Грегори С.Г., Барлоу К.Ф., Маклей К.Э. и др. (2006). «Последовательность ДНК и биологическая аннотация хромосомы 1 человека». Природа. 441 (7091): 315–21. Дои:10.1038 / природа04727. PMID  16710414.